La cellule civilo-militaire de l’EMUE a été unanimement décriée suite au « sommet des chocolatiers » (France, Allemagne, Belgique, Luxembourg) en avril 2003 mais dont l’idée de base n’en fut pas moins approuvée par les Quinze avant la fin 2003. Elle a été mise en place en juin 2005 auprès de l’EMUE, avec la capacité de générer un Centre d’opérations (Ops Centre) qui a atteint sa capacité opérationnelle le 1er janvier 2007. Le Centre d'opération a considérablement affaibli l'EMUE et il était vivement conseillé de ne pas l'activer pour l'opération EUFOR Tchad/RCA (voir le post sur cette opération).